در مدت اقامت ایشان انقلاب اسلامی به رهبری امام خمینی (ره) در ایران به پیروزی رسید . ایت الله عاملی یک کتاب درباره حکومت اسلام بر اساس سیرت اهل بیت (ع) به رشته تحریر درآورد . وی در سال 1993 میلادی به کشور خود یعنی جنوب لبنان بازگشت .
آثار فاخر آیت الله سید جعفر مرتضی عاملی نه تنها در عصر حاضر ممتاز و جایگاه ویژه ای برخوردار است بلکه با توجه به اهمیت آن این آثار را میتوانیم در ردیف تالیفات علما و اندیشمندان مشهور قرون سوم و چهارم هجری به شمار آوریم. با توجه به اهمیت بررسی علمی زندگی پیامبر گرامی اسلام ، این محقق بزرگ کتابی ارزشمند بنام سیرت پیامبر اعظم (ص) مشتمل بر 35 جلد به زبان عربی تایف کرد . این کتاب به زبان فارسی نیز ترجمه شده است و ترجمه آن به زبان اردو از سوی این بنده حقیر طی چدن سال گذشته آغاز شده که همچنان ادامه دارد .
دومین آثار فاخر آیت الله سید جعفر مرتضی عاملی کتاب "سیرت امام علی(ع) "مشتمل بر 53 جلد است .
دیگر اثار وی نیز به شرح زیر است ..
- امام علی و یونس پیامبر
- زندگی سیاسی امام حسن
- سیرت امام حسین در حدیث و تاریخ
- زندگی سیاسی امام رضا (ع)
- زندگی سیاسی امام جواد (ع)
- اهل بیت فی آیت تطهیر
- ابوذر لااشتراکیه و لا مزدکیه
- المواسم و المراسم
- الولایه تشریعیه
- حدیث فدک
- رد الشمس العلی (ع)
- ظلامة ابی طالب – تاریخ و نقد
- ظلامة ام الکلثوم
- علی و خوارج
- غدیر و معارضون
- کربلا فوق الشبهات
- مراسم عاشورا
- موقف علی فی الحدیبیه
- میزان الحق
حضرت آیت الله خامنه ای رهبر ایران در پیامی اعلام کردند : خبر درگذشت عالم خدمتگزار و پر تلاش جناب حجةالاسلام والمسلمین آقای سیدجعفر مرتضی در لبنان را با تأسف دریافت کردم. این عالم بزرگوار با تألیفات وزین و پرحجم و محققانه خود در تاریخ صدر اسلام که از نگارشی شیوا و قلمی قدرتمند برخوردار است، خدمت بزرگی به دنیای اسلام تقدیم کرده و نیاز فرهنگی مهمّی را برآورده ساخته است. اینجانب به خاندان مکرّم و بازماندگان ایشان و به جامعه علمی لبنان تسلیت عرض می‌کنم و رحمت و مغفرت الهی و حشر با اجداد طاهرین را برای وی مسئلت می‌نمایم.
در همین حال ایت الله سیستانی از مرجع بزرگ جهان اسلام در عراق و دیگر مراجع و شخصیتهای مهم مذهبی شیعه و شخصیتهای مهم اهل سنت ، رحلت آیت الله جعفر مرتضی عاملی را تسلیت گفتند .
آیت الله عاملی در خلق اثار خود از روشهای منحصر به فرد علمی پیروی می کرد . این آثار نشان دهنده وسعت دیدگاه و تسلط بر علوم مختلف از سوی این مردم دانشمند می باشد . ایشان برای اثبات روایات نه تنها از اسناد دقیق بهره برده اند بلکه از اصل درایت و فهم و عقل نیز استفاده نموده است. ایشان برای نگارش کتب سیره رسول الله (ص) از هزار و 700 روایت استفاده کرده است .
